מכון אינשטיין, בעזרתם של תורמים נדיבים, מעניק פרסים על בסיס הצטיינות אקדמית לתלמידים לתארים מתקדמים:

• TAFT FELLOW - שני פרסים המוענקים למי שסיימו לימודי תואר ראשון בהצטיינות והחלו בלימודי מוסמך.

• פרס ע"ש ד"ר מוריס טננבאום ז"ל - פרס על הצטיינות במחקר בלימודי מוסמך או דוקטורט.

• פרס ע"ש גיא קדמיאל ז"ל - פרס על הצטיינות במחקר בלימודי מוסמך.

• מלגה ע"ש מריה פוגונובסקה-פרונר ז"ל - מלגה לנשים המוענקת לסטודנטיות לתואר מוסמך או דוקטורט. המלגה מוענקת מדי שנה לסירוגין בחוגים מתמטיקה ופיסיקה.

• פרס ע"ש פרופ' שמחה זוכוביצקי ז"ל - פרס הצטיינות בלימודי מוסמך או דוקטורט.

• פרס ע"ש פרופ' ליאור צפרירי ז"ל - פרס הצטיינות בלימודי דוקטורט.

• פרס ע"ש ד"ר אברהם פרלמן ז"ל - פרס הצטיינות על עבודת דוקטורט או עבודת מחקר בתר-דוקטורט בתחומי האנליזה המתמטית או תורת הקבוצות.

הפרסים מחולקים על ידי ועדת הפרסים של המכון לאחר עיון בהמלצות המנחים, אין צורך להגיש אליהם מועמדות.

כמו כן, מעניק המכון מלגה ע"ש מארק גורדון ז"ל - מלגה זו מיועדת לנסיעה לחו"ל למטרת מחקר כחלק מלימודי דוקטורט. מועמדות למלגה זו מוגשת על ידי התלמידים בעקבות קול קורא המתפרסם מדי שנה.